1974年5月，香港宣教會成功向政府申請何文田邨第四座地下單位用作社會服務，同年9月「何文田閱覽中心」正式啟用，亦即香港宣教會恩基堂（下稱：本堂）前身，為該區中學生提供溫習自修的場地，同時又舉辦補習班及福音性聚會，藉此開設教會。

1976年6月第一個主日舉行首次崇拜，標誌著本堂正式成立。並於1977年9月11日選出首屆執事會，首任堂主任為曾文通牧師。

感謝上帝帥領，聚會人數持續增加，至1990年10月，購入旺角砵蘭街鴻業大廈三樓作為新堂址。後於1997年初，由旺角遷往長沙灣麗群閣二樓。自後，蒙神供應，再擴堂至一樓至今。